Sagradio ju je Turgut-beg (paša) krajem XVI ili početkom XVII vijeka. Godine 1688. je stradala kao i većina drugih džamija.
U periodu od 1717. do 1726. u njoj je bila locirana mala glavna straža.
Potom služila za smještaj artilјerijskih rekvizita.
Od 1726. do 1739. bila je katolička crkva i pripala je minoritima.
Godine 1741. obnovio ju je kizlar-aga, starešina harema, Hadži-Bešir aga, i osnovao njen vakuf.
Između 1789. i 1791. služila je franjevcima.
U XIX vijeku pretvorena je u pravoslavnu crkvu.
Smatra se da je tada srušen vrh minareta (1806-1813), a Popović bilježi da je jedna džamija, „ona na Velikoj pijaci, u avliji žandarmerijske kasarne bila je pretvorena u pravoslavnu crkvu, pri čemu nije dirano u spolјnu arhitekturu, već je na minaret okačeno jedno zvono”.
Od 1813. je opet služila kao džamija.
Godine 1860. su je koristili derviši iz Hadžišejhove tekije o čemu svjedoči Kanic.
On još kaže i da se 1897. raspitivao kod hodže Bajrakli-džamije o njoj, ali su njegova pitanja ostala bez odgovora.
Srušena početkom 1878. godine.
O izgledu džamije i mjestu gdJe je bila svjedoči crtež Steve Todorovića i snimak Ansatasa Jovanovića sa Kapetan-Mišinog zdanja.
Bila je smještena u dvorištu osmanske policije iz XIX vijeka, koja je bila na uglu ulica Braće Jugovića i Višnjićeve, ispod Studentskog trga.
