Prvi poslijeratni Opći izbori u Bosni i Hercegovini održani su u septembru 1996. godine.

Za članove Predsjedništva BiH izabrani su Alija Izetbegović, Momčilo Krajišnik i Krešimir Zubak. Mandat je tada bio dvije godine. Krajišnik je u septembru 2006. godine u Hagu osuđen na 27 godina zatvora zbog ratnih zločina. 

Na izborima u septembru 1998. godine u Predsjedništvo BiH ušli su Alija Izetbegović, Ante Jelavić i Živko Radišić.

U oktobru 2000. godine Alija Izetbegović se povlači sa funkcije ličnom odlukom. Na njegovo mjesto Parlamentarna skupština BiH bira Halida Genjca na privremenoj osnovi, a u skladu sa Zakonom o popuni upražnjenog mjesta člana Predsjedništva BiH. 

U martu 2001. godine, visoki predstavnik Wolfgang Petrisch smijenio je sa funkcije člana Predsjedništva Antu Jelavića jer je “izravno narušio ustavni poredak Federacije i Republike Bosne i Hercegovine”, što se odnosilo na njegovu ulogu u formiranju tzv. Hrvatske samouprave. Tri godine poslije, Jelavić je uhapšen zbog optužnice za korupciju, Sud BiH ga je u odsutnosti osudio na 10 godina zatvora. Jelavić danas živi slobodno u susjednoj Hrvatskoj. Jelaviću je 2001. godine Petrischevom odlukom bilo zabranjeno političko djelovanje, ali je tu zabranu 2014. ukinuo bivši visoki predstavnik Valentin Inzko. 

Od kraja marta 2001. godine, a na osnovu Zakona o popuni upražnjenog mjesta člana Predsjedništva BiH Parlamentarna skupština bira Beriza Belkića i Jozu Križanovića za članove Predsjedništva, dok je Živko Radišić ostao na funkciji do kraja mandata.

Treći saziv Predsjedništva BiH izabran je u oktobru 2002. godine. Članovi su bili Mirko Šarović, Sulejman Tihić i Dragan Čović.

Zbog afere “Orao”, izvoz oružja u Irak, Šarović je u aprilu 2003. godine podnio ostavku na mjesto člana Predsjedništva BiH, a umjesto njega Parlament je izabrao Borislava Paravca. Šarović je oslobođen te optužnice, kao i one za aferu “Privredna banka”, gdje je, zajedno sa Momčilom Mandićem i drugima, bio optužen za zloupotrebu ovlasti.

U martu 2005. godine visoki predstavnik Paddy Ashdown smijenio je Dragana Čovića sa funkcije člana Predsjedništva BiH, zbog optužnice Suda BiH koja ga je teretila za višemilionske utaje i primanje mita u slučaju “Lijanović”.

Na osnovu Zakona o popuni upražnjenog mjesta člana Predsjedništva BiH, Parlament BiH je donio odluku o izboru Ive Mire Jovića umjesto Dragana Čovića.

Četvrti saziv Predsjedništva BiH izabran je u oktobru 2006. godine – Nebojša Radmanović, Željko Komšić i Haris Silajdžić.

Nakon Općih izbora 2010, izabran je peti saziv Predsjedništva BiH, a činili su ga Nebojša Radmanović, Željko Komšić i Bakir Izetbegović.

Šesti saziv Predsjedništva BiH izabran je na Općim izborima 2014. Tada su za članove kolektivnog šefa države izabrani Mladen Ivanić, Dragan Čović i Bakir Izetbegović.

Nakon Općih izbora 2018. godine, izabran je aktuelni, sedmi saziv Predsjedništva BiH, koji čine Milorad Dodik, Šefik Džaferović i Željko Komšić.